Berdasarkan data yang ada, SDN Blimbing 3 semula bernama Sekolah Rakjat VI Tahun (baca : Rakyat) di Blimbing II Wilayah Timur Kota/Kabupaten Malang. Tidak diketahui dengan pasti kapan sekolah ini mulai berdiri. Berdasarkan keterangan pada SK Kadinas P&K tentang penetapan perubahan nama sekolah tertulis pada kolom keterangan angka 1948. Hal ini memperkuat penilaian bahwa mungkin SR VI di Bimbing II (sekarang SDN Blimbing 3) berdiri sejak tahun 1948. Namun SK ini baru diterbitkan pada tahun 1991. Disisi lain, sumber data lainnya yaitu buku induk siswa yang ada menyebutkan bahwa siswa dengan nomor induk 1 di SDN Blimbing 3 baru diterima di sekolah ini pada tanggal 10 September 1951. Siswa tersebut bernama Yasin, putra seorang petani. Bersama dengan Yasin ada ± 108 siswa lainnya yang dicatat sebagai siswa pindahan pada tanggal yang sama yang mayoritas berasal dari Sekolah Rakyat (SR) VI Tahun Blimbing I. Namun sekali lagi pencatatan ini diketahui baru dilaksanakan pada tahun pelajaran 1953/1954 sehingga dimungkinkan banyak hal yang belum teradministrasi dengan baik sebelum tahun pelajaran tersebut. Lokasi semula Sekolah Rakjat VI Tahun Blimbing II berada di Jl. Laksda Adi Sucipto No. 87 RT 3 RW 4 Blimbing Wilayah Malang Timur menempati tanah sewa seluas 300 m2.
Pada awal tahun 1960-an SR VI Tahun Blimbing II berubah nama menjadi SD Blimbing II dan pada tahun 1964 pindah lokasi ke wilayah IPR Malang Kota Utara Kotapraja Malang yaitu lokasi saat ini, tepatnya terletak di perumahan anggota ABRI. Bangunan yang adapun merupakan bantuan dari masyarakat sekitar yang mayoritas merupakan anggota ABRI dengan harapan putra-putri sekitar bisa bersekolah di sekolah ini yang diamanatkan kepada Pemerintah Kodya Malang pada saat itu.
Pada 1 Juni 1991 berdasarkan Surat Keputusan Kepala Dinas P dan K Propinsi Jawa Timur (Drs. Hardito) Nomor 421.207.1 / 77 / 112.04 / 1991, tentang penetapan kembali nama SD Negeri yang berada di Dati II Kodya Malang maka nama sekolah menjadi SDN Blimbing III No. 19 dari yang sebelumnya SD Blimbing II No. 106.
Tahun 1999, Kepala Sekolah yang menjabat, Ibu Hj. Lastiningsih melakukan sertifikasi terhadap tanah sekolah. Sehingga status tanah sekolah menjadi Hak Pakai Tanah Milik Pemerintah Kodya Malang.
Selanjutnya berdasarkan Keputusan Walikota Malang Nomor 179 Tahun 2006, tanggal 12 April 2006 tentang Penetapan Perubahan Kelembagaan Sekolah Dasar Negeri di Kota Malang maka SDN Blimbing III No. 19 diberikan nomor statistik sekolah 101056103020 dengan nama SDN Blimbing 3 Malang. Hal ini diperkuat dengan pemberian piagam yang ditandatangani oleh Kepala UPT Pendidikan Dasar saat itu, Drs. Heru Prijantono yang berlaku sejak tanggal ditetapkan yaitu 15 Januari 2007.
Pada tanggal 1 September 2008, melalui sertifikat yang diterbitkan oleh Departemen Pendidikan Nasional dan ditandatangani oleh Kepala Dinas Pendidikan Kota Malang, Dr. Shofwan, SH, M.Si., SDN Blimbing 3 memperoleh Nomor Pokok Sekolah Nasional yaitu 20534092 dengan nama resmi Sekolah Dasar Negeri Blimbing 3. Pada tahun 2009 tepatnya tanggal 9 November 2009 berdasarkan Surat Keputusan Kepala Balitbang Depdiknas Nomor 3574/G4/KL/2009, Pusat Statistik Pendidikan kembali menerbitkan Sertifikat NPSN dengan nomor yang tetap dan mencantumkan nama sekolah sebagai SDN BLIMBING 3.
Dari sisi kesiswaan,berdasarkan data yang ada (buku induk siswa) hingga tahun 2023 setidaknya ada 7.000-an orang yang pernah bersekolah di SDN Blimbing 3 termasuk 325 siswa yang saat ini masih bersekolah.
Sejak awal berdiri, SDN BLIMBING 3 telah mengalami pergantian kepala sekolah sebanyak beberapa kali, berikut adalah Kepala Sekolah yang diketahui pernah menjabat di SDN Blimbing 3
